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prototype.js を使ったプログラミングの話ではありません。
Sapid の JSX-model 生成系を使って prototype.js 1.6.0 のソースコードを解析しました。新しい生成系を作っているところですが、13 倍ほど高速になっているようです。ただ、どっちの生成系を使っても SDB からタグを取り除いて元のソースコードに戻らないのでどこかバグっているみたいです。
と思ったら以前からある文字コードの問題ですね。UTF-8 が正しいけど、文字コード判定を行う先頭 4K 内の文字は ASCII なわけでうまくいってません。どうしたものか。